如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

  我叫林平之,是莫愁師姐的師弟,也是萬事屋主要的NPC擔當。好吧廢話不多說了,就告訴你我文章基本上快煉成了,基因也篩到了,表型也驗證了,接下去就是要扯一個明星分子做機制研究了。好吧,我最不在行的就是拉關係。

莫愁:關係就是看看你研究的基因的表型,能不能順帶聯繫到某個信號通路上。因為既然你研究的這個基因會引起某個關鍵的表型,同樣,這個關鍵表型又和某個著名的信號通路有密切關係。那有很大的概率,你研究的這個基因會和這個信號通路裡的某個明星分子扯上關係。那現在問題來了,有了相關的表型,要怎麼去找明星分子呢?

方法一:看文獻,當然看文獻是最直接的方法,誰都知道文獻裡什麼都有。你只要耐心看,看完總結總結,看看人家都研究這個表型相關的什麼信號通路,就OK了。

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

(小林子:說得簡單……一萬二千多篇,我算算,每小時一篇,不吃不喝不睡覺要看一年多……就好像我分分鐘能看幾篇文獻一樣……)

方法二:查詢KEGG的Pathway,基本上明星分子,都會出現在比較常見的信號通路裡面,隨便搜幾個可能的信號通路,然後看看裡面關鍵的上下遊基因,就作為備選就可以了。

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

(小林子:雖然好像是這麼回事,呵呵,但是我連要查什麼信號通路也都不清楚,那要怎麼去找明星分子……)

方法三:最傻瓜的總要留到最後,用這個網站:

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

(小林子:師姐,幹嘛不早說!這才符合我的身份……)

這個叫PS平方的網站是一個提供文本分析的網站,在下面的搜尋欄裡選擇好,我輸入一個信號通路相關的關鍵詞,然後要搜選與這個信號通路相關的基因。

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

輸入一個表型的關鍵詞吧,比如EMT:

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

然後,快速搜尋,就能獲得這樣的結果,但是你會發現,這些搜出來的明星分子的名字你從來都沒見過,怎麼可能跟EMT有關呢:

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

然後仔細看看右邊的註釋:

如何正確地尋找能扯上關係的明星分子

這幾個基因確實都是和EMT有關的明星分子……

…華麗麗的分割線…

李莫愁博士:研究的新基因,能扯上某個信號通路,那就提高了自己的身價。比如右叔就一直說,薛之謙是他高中同學的初中同學……好吧,雖然並沒有什麼卵用。我會告訴你我一個遠房表哥是習大大的翻譯官麼?真的是比右叔不知道高到哪裡去了,跟誰都能談笑風生……好了,今天就先策到這裡吧……什麼?網址是什麼?你們不是厲害麼……